对于医院网站进行外包开发的项目，在外包公司交付网站时，应执行严格的验收测试，编写网站安全测试用例，应在系统上线前的测试环境，请求第三方测试工程师进行网站渗透测试、Web漏扫测试、端口开放扫描等测试工作，对于测试过程中发现的安全隐患，应提交为bug让软件开发单位解决，解决完当前隐患后，方可正式上线。
医院网站后台系统无论是部署在医院内部数字中心，还是部署在IDC机房或者云服务上，均需要对网站进行网络安全防护，如架设网站防火墙、入侵检测系统IDS、入侵防护系统IPS、全流量安全分析系统等，重点部署全流量安全回溯分析系统，并进行为期7天的网络全流量存储，一旦发现网站安全问题，可进行全流量回溯追踪溯源，取证，上报司法机关，对不法分子进行有力的威胁作用。