电子商务网站运行过程中的主要依靠网络与计算机系统的安全性, 其安全性的最大威胁在于病毒侵犯, 为了有效避免外围层中病毒潜藏在网络之中攻击整个电子商务网站, 应当提升Web服务器与操作系统的安全性, 在网络数据库系统虚拟专用网络的建立上可以综合使用管、杀与防等综合治理的方式, 以有效保障网络边界性安全的提升。同时为了避免数据库在传输过程中出现意外的威胁或者损害可以使用加密技术的方式。除此之外是对于数据库自身安全防护工作的进行, 首先是选择合适的数据库系统软件, 并且加强各种补丁程序的设置, 以有效防止或者避免被恶意攻击。同时加强合理的数据库软件的部署, 具体的方式有最大限度降低数据库服务器对Web服务器开放端口的开放个数, 对于数据库系统的服务端口进行有效修改, 为每一个账号设置一个强健的口令, 减少口令被破解的机会。