电子商务网站因其自身的开放性，可能会在电子商务网站的基础硬件、数据登录方式与结构以及网站的后台管理等方面存在着较大的安全隐患。电子商务网站通常存在如下几种安全隐患。
电子商务运营模式在我国兴起时间较短，该技术在我国处于开发与建设的初期阶段。我国在建设电子商务网站时各种硬件器材短缺，并且配套自检相对短缺，造成建设设施不够先进且硬件器材的安全性存在较大漏洞。由于这些安全隐患的存在，电子商务网站就会被不法分子恶意利用，或是被恶意攻击，盗取网站上的数据库数据信息并进行利用。这些操作给电子商务网站的数据库设计带来了特定的安全风险。
为了方便网站管理人员对建成的电子商务网站数据库进行访问，因此在建设电子商务网站时都会设置两种登录形式：（1)Windows身份验证登录；（2）直接访问数据库。这意味着可以通过访问电子商务网站直接浏览数据库的内容。因此，当用户使用第二种方法访问数据库信息时，安全风险更大。原因在于很多用户在登录网站时习惯选择系统默认的用户名，并且在登录网站后又会直接选择“记住密码”。这就使电子商务网站数据库存在的安全隐患增大，并且由于用户没有修改用户名和密码便登录了网站，增大了数据库资料外泄的可能。