网站运行阶段，应加强网络安全设备防护、网站服务器系统安全防护，配备Web应用防火墙加固，以确保网站得到有效的安全防护和监控预警。
在网络安全防护上，配备边界防火墙、入侵防护系统（Intrusion Prevention System,IPS）。防火墙可以有效隔离内网和互联网。通过防火墙的安全策略，可以有效阻止非法访问、限制外部只能访问允许端口、控制出入网络的信息流。IPS具有海量攻击特征库，能够专门深入网络数据内部，查找所认识的攻击代码特征，即时中断或隔离一些非正常的网络数据传输行为。
在服务器安全防护上，启动防火墙软件，关闭Telnet,FTP等功能，以减少被攻击的可能性。账号管理方面，关闭非必要账号，管理员密码设置有一定复杂度，并实施定期改密策略。操作系统上应安装防病毒软件，定期查杀病毒并更新系统和防病毒软件的补丁。在应用系统的安全防护上，考虑在应服务器前端部署Web应用防火墙（Web Application Firewall,WAF),WAF工作在应用层，通过对Web应用进行访问控制、内容校验，并提供Web应用加固工具，从而实现对网站的有效防护。